先天性巨結腸一般進行的是巨結腸根治術。對于短段型和常見型巨結腸的孩子來說,巨結腸根治術可以通過經肛門進行病變腸管切除,也就是手術傷口僅僅在肛門處,腹部是沒有切口的,通過肛門將病變腸管從肛門拖出,然后再將近端腸管與肛門處縫合行肛門成型術。
對于長段型以及全結腸型巨結腸,由于病變腸管比較長,肛門手術是沒有辦法完全切除病變腸管,所以需要通過腹部手術同時進行。通過開腹手術,將近端腸管游離,切除病變腸管,一并經肛門拖出。這些手術,如果僅僅進行肛門成形手術,手術以后等到孩子病情好轉就可以進食,一般來說,在5天左右,如果傷口處沒有感染,而且沒有出現腸管壞死,回縮等情況,就可以逐漸開奶。年齡較大的孩子,可以先喝水,然后吃一些粥等比較好消化的食物,再逐漸過渡到正常飲食。