肛瘺的主要臨床表現為肛瘺外口持續或間斷流出少量膿性、血性或者是黏液性分泌物,而且較大的高位肛瘺,因為肛瘺的位置比較高,不受括約肌的控制,可以有糞便或者氣體從此排出。由于分泌物的刺激,使患者肛門周圍的皮膚出現潮濕、瘙癢,有的時候還會出現濕疹。當外口愈合瘺管中有膿腫形成時,患者可以感覺到明顯的疼痛,而且有的患者還會出現發熱、寒戰、乏力等全身感染的臨床表現。
膿腫穿破或者是切開引流后,上述的臨床表現會緩解,但是上述的癥狀會反復發作,這也是肛瘺的主要臨床特點。肛瘺一經出現,建議患者及時的進行手術治療為好。