系統性紅斑狼瘡患者潛伏期是無法推測,有的患者可能是5-10年,而有的患者可能僅僅5到10天左右。大多數系統性紅斑狼瘡患者起病是非常隱匿,僅僅表現為輕度的關節炎、皮疹或者脫發、口腔潰瘍。之后患者的癥狀可以長期處于穩定狀態,在某種誘因作用下逐漸出現多系統損害,比如導致腎臟損傷、血液系統損傷或者中樞神經系統病變。
只有極少數患者,一開始起病就累及多個臟器和系統,甚至表現重癥的狼瘡危象。系統性紅斑狼瘡的自然病程,也是表現為病情加重以及緩解相交替。系統性紅斑狼瘡,目前沒有辦法根治,但通過合理規范化藥物治療,可以控制癥狀發展。