重點在于抗隱球菌的治療,當發生隱球菌感染以后根據患者的臨床特點以及基礎狀態,選擇使用兩性霉素B與氟胞嘧啶,或于其它的抗真菌藥物聯合抗感染治療,例如伏立康唑、氟康唑、伊曲康唑等治療。其療程一定要足,通常需要6個月到12個月左右,對于部分重癥的患者需要更長的時間,此時才能有效地控制肺部隱球菌感染,其咳嗽才能更好的控制和緩解。當然咳嗽明顯的患者還需要口服止咳藥物,例如復方甘草片、復方福爾可定口服液、咳必清等止咳。
對于部分患者還需要行支氣管鏡的檢查,以排外氣道內有無真菌性的肉芽腫形成,對于此類患者還需要行支氣管鏡的微創治療,以清除局部的肉芽腫,協助止咳處理。