對于先天性巨結腸來說,切除腸管的范圍需要根據病變腸管的長度來決定。對于短段型,常見型和長段型先天性巨結腸來說,可以只切除病變處的腸管,不必進行結腸的全部切除,但是切除的病變腸管以后剩余結腸也不能再長出,也就是結腸會比較短。
而對于全結腸性先天性巨結腸,由于整個結腸都沒有神經節細胞,所以需要將全部結腸切除,也就是術后孩子僅僅剩余小腸,將小腸的末端拖到肛門處成形肛門,這樣孩子就沒有結腸了,而且結腸也不能夠再次長出。雖然沒有結腸,但是孩子是可以正常生活的。但是在術后早期可能由于缺乏結腸,沒有辦法充分吸收水分,會出現腹瀉的情況。