多指畸形的發生與遺傳因素緊密相關,這是多指畸形發生的主要原因。其父母一方或者雙方有血緣關系的家族成員,患有多指畸形時,其子女發生多指畸形的概率,較正常的家族明顯增高。如果父母一方患有多指畸形其子女患有多指畸形的概率可達百分之五十。如果父母雙方都患有多指畸形,其子女患多指畸形的概率可達百分之七十五。
另外,懷孕早期胚胎受到損害,也可以導致多指畸形的發生。比如受到X線等電離輻射,母親得病毒感染性疾病、傳染性疾病,或糖尿病,母親平素吸煙飲酒吸毒等都會導致多指畸形的發生。另外腹部受到損傷,導致胚胎受損,也可導致多指畸形的發生。