新生兒甲減的原因可能有先天性原因和后天性原因。
先天原因包括由于先天性的缺陷造成合成甲狀腺素的一些酶的缺乏,使甲狀腺素的合成發生障礙。主要是孕婦缺碘而導致胎兒期缺乏甲狀腺素,也可見于小兒先天性甲狀腺功能發育不良。還有全身很多的組織有甲狀腺的受體,盡管甲狀腺素的量不少,也會由于受體的缺陷使甲狀腺素不能發揮作用,從而表現出甲減的表現。
后天原因包括長期缺碘,使合成甲狀腺素的原料不成。因而嬰兒甲狀腺素的生成較少,還有放射性131碘治療時131碘用量過大,使甲狀腺組織破壞過多,也可能出現甲減情況。還有各種甲狀腺炎造成的甲狀腺組織破壞可以引起甲減,還有下丘腦垂體病變時因促甲狀腺素不足,使甲狀腺生成甲狀腺素的功能減低。還有些藥物可以抑制甲狀腺的生成因而引起甲減,常見的藥物是抗甲狀腺藥物。